Sono organi del Parco archeologico del Colosseo:

• Il Direttore
• Il Consiglio di Amministrazione
  – Manacorda
  – Capaldo
  – Bokova
  – Recchia

• Il Comitato Scientifico
  – Augenti
  – Valentino
  – Carandini

• Il Collegio dei Revisori dei Conti
  – Mazzotta
  – Donnamaria
  – Gueci

La struttura organizzativa del Parco è articolata in sedici servizi e relativi uffici:

1. Staff del Direttore
2. Affari generali e risorse umane (responsabile: dott. Michele Santomasi)
3. Servizio prevenzione e protezione (responsabile: arch. Barbara Nazzaro)
4. Tutela, conservazione e restauro (responsabile: dott.ssa Rossella Rea)
5. CED e Servizi informatici (responsabile: arch. Stefano Borghini)
6. Ricerca, scavi e progettazione scientifica (responsabile: dott. Alessandro D’Alessio)
7. Valorizzazione, mostre ed eventi (responsabile: dott.ssa Martina Almonte)
8. Promozione, marketing, fundraising e Art Bonus (responsabile: dott.ssa Irma Della Giovampaola)
9. Accoglienza e vigilanza (responsabile: dott. Alessandro D’Alessio)
10. Educazione e didattica (responsabile: dott.ssa Patrizia Fortini)
11. Relazioni con il pubblico, la stampa e i social network  (responsabile: dott.ssa Federica Rinaldi)
12. Manutenzioni e pulizie (responsabile: arch. Maria Maddalena Scoccianti)
13. Bilancio e contabilità (responsabile: Direttore)
14. Gare e contratti (responsabile: dott. Emanuele Natangelo)
15. Area tecnica, programmazione e security (responsabile: arch. Cristina Collettini)
16. Studi e pubblicazioni (responsabile: arch. Maria Grazia Filetici)