La struttura organizzativa del Parco è articolata in quindici servizi e relativi uffici:
- Staff del Direttore
- Affari generali e risorse umane (responsabile: dott.ssa Alfonsina Russo)
- Servizio prevenzione e protezione (responsabile: arch. Barbara Nazzaro)
- Tutela, conservazione e restauro (responsabile: dott.ssa Federica Rinaldi)
- CED e Servizi informatici (responsabile: arch. Stefano Borghini)
- Ricerca, scavi e progettazione scientifica (responsabile: dott.ssa Alfonsina Russo)
- Valorizzazione, mostre ed eventi (responsabile: dott.ssa Martina Almonte)
- Fundraising e sviluppo (responsabile: dott.ssa Alfonsina Russo)
- Educazione e didattica (responsabile: dott. Andrea Schiappelli)
- Comunicazione, Relazioni con il pubblico, la stampa e i social network (responsabile: dott.ssa Federica Rinaldi)
- Manutenzioni e pulizie (responsabile: dott. Andrea Schiappelli)
- Bilancio e contabilità (responsabile: Direttore)
- Gare e contratti (responsabile: dott. Massimo Epifani)
- Area tecnica, programmazione e security (responsabile: arch. Cristina Collettini)
- Studi e pubblicazioni (responsabile: dott.ssa Alfonsina Russo)