La struttura organizzativa del Parco è articolata in quindici servizi e relativi uffici:
- Staff del Direttore
- Affari generali e risorse umane
Responsabile: dott.ssa Valentina Cervi - Servizio prevenzione e protezione
Responsabile: arch. Barbara Nazzaro - Tutela, conservazione e restauro
Responsabile: dott.ssa Federica Rinaldi - CED e Servizi informatici
Responsabile: arch. Stefano Borghini - Ricerca, scavi e progettazione scientifica
Responsabile: dott.ssa Alfonsina Russo - Valorizzazione, mostre ed eventi
Responsabile: dott. Daniele Fortuna - Fundraising e sviluppo
Responsabile: dott.ssa Alfonsina Russo - Educazione e didattica
Responsabile: dott. Andrea Schiappelli - Comunicazione, Relazioni con il pubblico, la stampa e i social network
Responsabile: dott.ssa Federica Rinaldi - Manutenzioni e pulizie
Responsabile: dott. Andrea Schiappelli e Sergio Marcozzi - Bilancio e contabilità
Responsabile: dott.ssa Paola Natalina Cuzzocrea - Gare e contratti
Responsabile: dott. Massimo Epifani - Area tecnica e programmazione
Responsabile: arch. Aura Picchione - Security
Responsabile: dott.ssa Paola Quaranta - Studi e pubblicazioni
Responsabile: dott.ssa Alfonsina Russo